Právo soudit kriminální delikty a popravovat zločince získal Brandýs nad Labem nejpozději počátkem 17. století, přičemž pravomoc zdejšího soudu se nevztahovala jen na samotné město, ale i na širší okolí. Z městského soudnictví však byly vyňaty osoby šlechtického stavu a duchovenstvo, které se řídily vlastními právními normami. Až do roku 1765 tak brandýský soud v součinností s apelační radou na Pražském hradě vyslýchal osoby podezřelé ze spáchání trestného činu a vynášel rozsudky, včetně trestu smrti.

Projednávané případy bývaly rozličné. Nejčastěji se vyskytovaly drobné krádeže, ať už v brandýských domácnostech, řemeslnických dílnách či chlévech, nebo v panských obilních sýpkách a hospodářských budovách. Chycený pachatel mohl skončit na šibenici s oprátkou na krku, drobné krádeže se však obvykle posuzovaly individuálně, záleželo na míře poškození okradeného, četnosti krádeží a na společenské závažnosti deliktu. Občas se zlodějům podařilo beze stopy zmizet nebo byl jejich podíl na krádeži neprokazatelný. Zvláště po třicetileté válce se krajem potulovaly nebezpečné skupiny lapků a zlodějů, kterým byly vyměřovány obzvlášť přísné tresty.

K dalším zločinům patřila vražda neboli mord, která byla převážně trestána stětím. Pokud se ale jednalo o neúmyslné zabití například v sebeobraně, mohl být obžalovaný propuštěn, musel se však finančně vyrovnat s vdovou oběti. Zvláštním a poměrně častým druhem vraždy bylo zabití novorozeněte matkou bezprostředně po porodu, v dobové mluvě označováno jako „zamordování neřádně nabytého plodu“. Tento zločin byl většinou doprovázen dalším deliktem cizoložství či smilstva. Následoval kapitální trest, v Brandýse obvykle poprava stětím, zahrabání mrtvoly a následné probodení srdce.

Brandýskému panství se nevyhnulo ani žhářství, které patřilo k velice nebezpečným zločinům. Oheň se mohl snadno rozšířit na sousední domy, a proto jakýkoli požár znamenal pohromu pro celou obec. Oblíbeným místem pro zakládání požárů byly seníky, které snadno vzplály. Někteří žháři vykonali své dílo samostatně, jiní k němu využili prostředníky, třeba mezi děvečkami. Trest za žhářství byl jednoznačný – upálení. V Brandýse se ale uplatňovala mírnější forma, kdy upálení následovalo až po předchozí popravě mečem.