Renesanční budova brandýské katovny se zachovalou sgrafitovou výzdobou se nachází v historicky významné části Nižší Hrádek a byla postavena pravděpodobně v 16. století. Nejpozději od 17. století sloužila jako obydlí zdejších katů, kteří v Brandýse nad Labem vykonávali své řemeslo až do roku 1765, kdy Marie Terezie v rámci reorganizace hrdelních soudů odňala městu popravčí právo. Od té doby se katovna využívala již jen jako pohodnice, kde se odstraňovala uhynulá zvířata. Jako jedna z mála zachovaných katoven patří nejen k významným památkám tohoto města, ale i k výjimečným dokladům hrdelního práva u nás.

Objekt brandýské katovny získalo v šedesátých letech 20. století v havarijním stavu Oblastní muzeum Praha-východ. Brzy následovala rekonstrukce, při níž byla mimo jiné odkryta sgrafita na čelní straně budovy, a katovna pak sloužila jako výstavní prostor. Po přestěhování muzea ze zámku na náměstí v osmdesátých letech minulého století byl v katovně zřízen depozitář a objekt se veřejnosti nadobro uzavřel.

Nová nákladná rekonstrukce katovny proběhla v letech 2000–2001. Hlavním záměrem rekonstrukce bylo zamezit dlouhodobé vlhkosti, zvláště ve spodní části budovy. V roce 2008 muzeum přístupnilo nejstarší místnosti katovny veřejnosti a instalovalo zde novou expozici, která je vzhledem k historii budovy věnována dějinám hrdelního a útrpného práva.